Sekolah Menengah Persekutuan Agama Labu merupakan salah sebuah Sekolah Berasrama Penuh Aliran Sains Agama. SMAPL ditubuhkan pada Januari 1982 atas cadangan Pengarah Pendidikan Islam di Kementerian Pendidikan Malaysia pada waktu itu, Tan Sri Datuk Paduka Dr Abdul Hamid Othman (Allahyarham). Idea ini muncul kerana kesedaran Majlis Agama Islam Wilayah Persckutuan pada ketika itu untuk membina sekolah agama Islam di Kuala Lumpur. Selepas cadangan itu diterima oleh kerajaan, sekolah itu diberikan nama sebagai Menengah Sekolah Agarna Wilayah Persekutuan (SMAWP). Sejarah penubuhan sekolah ini agak menarik dan unik kerana

semasa sekolah ini ditubuhkan ia tidak mempunyai bangunan sendiri. Oleh itu pelajar-pelajar sulungnya iaitu Tingkatan 1, 4 dan 6 yang seramai lebih kurang 500 orang telah ditumpangkan di Kolej Islam Kelang, Selangor hingga akhir tahun 1982. Ketika itu tenaga pengajarnya hanyalah seramai 40 orang di bawah pimpinan pengetua pertama, Tuan Haji Muhammad Hj Shafie. Walaupun dalam keadaan menumpang, namun sekolah ini berjaya membentuk sekolah berpendidikan ke arah Islam sebagaimana yang dihasratkan oleh Kementerian Pendidikan dan rakyat Malaysia.